معاملت پہلے ہی زیرِ عمل ہے - عقبی جگہ سے جواب کا انتظار

I suggest the transliteration for the BACK END.

لین دین کی کاروئی پہلے سے ہی زیرِعمل ہے- عقبی خانے سے جواب کا انتِظار ہے

Back end is something "relating to or denoting the part of a computer system or application that is not directly accessed by the user, typically responsible for storing and manipulating data."

In terms of a transaction, it can be a database which the system accesses for some response and/or action.

The instruction should simply tell the user to wait for the technical process to complete in simple terms. "Back end" is a common term in English, especially in relation to transactions, but would become pretty meaningless if translated, or even if transliterated to those not familiar with this jargon. Below are some suggestions. I prefer the انتظار کیجئے ending even though it's not a direct translation, simply because it is less confusion and clearly tells the user that they need to wait and not do anything.

کاروائی پہلے سے زیر عمل ہے۔ تکنیکی عوامل مکمل ہونے کا انتظار کیجئے۔

کاروائی پہلے سے زیرِ عمل ہے۔ پس منظر عوامل کی تکمیل کا انتظار کیجئے۔

کاروائی پہلے سے زیر عمل ہے۔ پس منظر نظام سے جواب آنے کا انتظار ہے۔

This would be the better, user-friendly translation:
کاروائی پہلے سے زیر عمل ہے۔ مکمل ہونے کا انتظار کیجئے۔