É o termo usado, no Brasil, para indicar o registro de documentos, interna e externamente a qualquer organização.

Veja o que diz o Aurelio, especialmente aplicáveis os significados 6 e 7:

[Do gr. protókollon, 'primeira folha colada aos rolos de papiro, e na qual se escrevia um resumo do conteúdo do manuscrito', pelo lat. med. protocollu e pelo fr. protocole.]
S. m.
1. Registro dos atos públicos.
2. Registro das audiências nos tribunais.
3. Registro de uma conferência ou deliberação diplomática.
4. Formulário regulador de atos públicos.
5. Convenção internacional.
6. Livro de registro da correspondência de uma firma, repartição pública, etc.
7. Bras. Cartão ou papeleta em que se anotam a data e o número de ordem com que foi registrado no livro de protocolo (6) um requerimento, e que serve como recibo.
8. Fig. Formalidade, etiqueta, cerimonial.
9. Inform. Protocolo de comunicação (q. v.).

u Protocolo de comunicação. Inform.
1. Conjunto de regras, padrões e especificações técnicas que regulam a transmissão de dados entre computadores por meio de programas específicos, permitindo a detecção e correção de erros; protocolo de transmissão de dados. [Tb. se diz apenas protocolo.]


Alguns exemplos:

Ethan Frome SERVIÇOS TIPO: MENOR PREÇO Pelo presente, o MINISTÉRIO ...
... mediante correspondência protocolada na Sub-Área de Apoio Administrativo ... na Sub Area de Apoio Administrativo – Protocolo Geral do Ministério Público ...
www.mp.sp.gov.br/licitacoes/tomadapr/TP-011-2000-MEMO.htm

CONVENÇÃO COLETIVA DE TRABALHO
Brasileira de Correios e Telégrafos ou por correspondência protocolada. ... A referida dispensa só terá validade se solicitada via protocolo à empresa, ...
www.fiepr.org.br/fiepr/das/convencoes/construcao/sinduscon_...

Processos Administrativos Sancionadores - 2004
... na correspondência protocolada em 13.01.03 seria aceita pela CVM, ... que após 5 (cinco) meses do protocolo do pedido de registro do "LIFE FUNDO", ...
www.cvm.gov.br/port/inqueritos/2004/RJ2003_5753.asp