Julgo que neste "protocolo de perfil hormonal" refere-se ao conjunto de procedimentos para obter um "perfil hormonal", dos quais fazem parte as sucessivas colectas (presumo que de urina).
Nestes termos, a tradução completa será algo como: "When I ask the patient the collection under the protocol for hormonal profile, I will guide her to start exams on the (3rd) day of the cycle, and then she will continue to collect according to the earlier Peak Day".
Coloquei (3rd ) apenas para servir de exemplo. Presumo que "o ciclo" refere-se ao "ciclo menstrual".

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Note added at 1 hr (2014-08-13 16:45:24 GMT)
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Correção: "Julgo que este "protocolo de perfil hormonal"...